قال إدارة الأوقاف الجعفرية إن مسجد الخميس وأوقافه يقعان تحت يد وإشراف وتبعية إدارة الأوقاف الجعفرية.
وكشفت، في ردها على معلومات غير دقيقة نشرتها إحدى الصحف المحلية قبل فترة، أن مسجد الخميس منذ بنائه قبل أكثر من 800 عام تقريبا هو تابع إلى الطائفة الجعفرية في البحرين وله ملفات خاصة تحوي كل ما يتعلق به من وثائق ومتابعات، وأن أوقافه تحت يد الإدارة, مضيفة أنه بالنسبة إلى الامتداد التاريخي للمسجد فإن الإدارة لديها الكثير من المصادر التاريخية والشواهد والمراسلات الرسمية التي تثبت أن مسجد الخميس هو مسجد تابع إلى إدارة الأوقاف الجعفرية. وأردفت الإدارة أن جميع المراسلات الصادرة والواردة بين دائرة الأوقاف وحاكم البحرين السابق سمو الشيخ سلمان بن حمد آل خليفة ومستشار حكومة البحرين سابقا تشارلز بلغريف بالإضافة إلى المراسلات مع أمير دولة البحرين المغفور له سمو الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة، وكذلك الكثير من المراسلات المعنونة باسم صاحب السمو الملكي الأميرخليفة بن سلمان آل خليفة وكل تلك المراسلات تثبت تبعية مسجد الخميس وجميع أوقافه ومتعلقاته إلى إدارة الأوقاف الجعفرية. وأوضحت أنه بذلك فإن مسجد الخميس هو أحد مساجد إدارة الأوقاف الجعفرية ويعتبر جزءا لا يتجزأ من نسيجها المسجدي الذي يحتوي على قبور لعلماء الطائفة الجعفرية ومقبرة قائمة عرفت منذ مئات السنين ولا تزال قائمة وهي أيضا تحت يد إدارة الأوقاف الجعفرية تاريخيا ورسميا.